Kao nadbiskup Šeper je pokrenuo Pastoralni tjedan za trajnu naobrazbu svećenika, osnovao katoličku novinsku kuću „Glas koncila“, Centar za koncilska istraživanja, te izdavačku kuću „Kršćanska sadašnjost“. Sudjelovao je na Drugom vatikanskom koncilu, a bio je i predsjednik Međunarodne teološke komisije, te pročelnik Kongregacije za nauk vjere. Po ocijenama mnogih među najzaslužnijima je za razvoj postkoncilske teologije i Crkve. Kao pročelnik Kongregacije za nauk vjere bio je prvi – i jedini – Hrvat u povijesti koji je dosegnuo tako važan crkveni položaj. Ostavio je dubok trag u vjerskoj i političkoj povijesti Hrvatske.
Franjo Šeper rodio se u Osijeku 2. listopada 1905. Pučku školu pohađao je na Kaptolu, a 1924. godine maturirao na zagrebačkoj donjogradskoj gimnaziji. Poznanstvo s blaženim Ivanom Merzom utjecalo je na njegovu odluku za svećeničkim pozivom. Već u prvom semestru uz preporuku nadbiskupa Bauera, svoj studij nastavlja u Rimu, kao pitomac zavoda Germanicum. Na papinskom sveučilištu Gregoriani, stječe doktorat iz filozofije, te teologije. Za svećenika je bio zaređen u Rimu 26. listopada 1930., a mladu misu imao je na blagdan Svih Svetih u bazilici sv. Pavla izvan zidina.
Sudbinski povezan s blaženim kardinalom Alojzijem Stepincem
U Rimu je studirao i bio zaređen za svećenika zajedno s blaženim Alojzijem Stepincem, kojega je kasnije naslijedio kao zagrebački biskup. Papa Pavao VI. imenovao ga je 1965. kardinalom. Bio je predsjednik Međunarodne teološke komisije, Papinske biblijske komisije i član Papinske komisije za reviziju zakonika kanonskog prava, a imenovan je 1974. za Komornika Svetoga Kardinalskog zbora. Uloga kardinala Franje Šepera kao predstojnika Kongregacije za nauk vjere od izuzetne je važnosti u životu Hrvatske kao i sveopće Katoličke crkve. Tu je dužnost vršio do 25. studenoga 1981. Samo mjesec dana kasnije preminuo je u Rimu, 31. prosinca 1981. Misu zadušnicu u bazilici sv. Petra u Rimu pred mrtvim tijelom kardinala Šepera služio je papa Ivan Pavao II.
Njegovi su posmrtni ostaci položeni u grobnicu zagrebačkih nadbiskupa iza glavnog oltara prvostolnice uz lijes kardinala Alojzija Stepinca s kojim je bio gotovo sudbinski povezan za života.
https://www.youtube.com/watch?v=ftBqrz0WSWg